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海外版Z900 SE的动力相比普通版略有提升，而国内版保持和普通版一样。动力依然配备的是948cc直列四缸发动机，最大功率86.3kw/9500rpm，最大扭矩是95Nm/7700rpm。
Z900的刹车一直被车友诟病，SE则采用了刹车效果更好的Brembo M4.32对向四活塞辐射卡钳，搭配Brembo 300mm双浮动碟以及金属油管，后制动为单活塞卡钳配250mm单碟。同时后悬挂换成了可手动调节的金色Ohlins S46，更加方便；前悬挂为了一体性，也换上了金色，同样具有压缩回弹阻尼和预载可调。
其他配置和标准版保持一致，包括双通道ABS、滑动离合和KTRC牵引力控制系统等。
Z900 SE并没有像Z900那样推出50周年纪念版画，只有糖果川崎绿和金属火花黑两种配色（大家一起来找茬，两个版画有哪里不同）。
