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第二代的 TZR250（工厂编号 3MA）在 1989 年二月底首次发布，搭载一副全新的、充满划时代技术感的水冷反向（发动机进气口向前、排气口向后）卧式直列两气缸两冲程两发动机，缸径、行程为 56 mm x 50.7 mm，排气量 249 cc，带 YPVS 可变气阀系统，最大动力输出是日本当地法例规定之上限（250 cc 级别）的 45 匹。而经过改装之后、TZR250 可轻松达到 60 - 70 匹的峰值输出。
车体方面，采用一副充满 GP 机器视觉冲击的 Delbox 车架、下加强肋设计（也就是现在所流向的、所谓的倒三角）的后摇臂，这意味着厂方的开发/设计人员，对第二代 TZR250 的操控取向、是更倾向于更好的进出弯感觉，而非直路狂飙的加速（上加强肋设计的后摇臂、可提供一个相对较高的直线加速稳定性，尽管两者之间的差异、一般的驾驶员难以轻易察觉）。
下图：Yamaha 官方发行的信息杂志（Yamaha News）、在 1989 年三月号首次公开的第二代 TZR250（图片来源：Yamaha News）。
第二代 TZR250 一个流传得最广的特征、是 “ 屁股冒烟 ” —— 后方排气，也称之为尾排。撇开其疯狂的加速感不说，仅仅就是这样的外部造型，相信就足以打动那个时代无数的年轻人。
Yamaha 为 TZR250 制订的口号是 “ 体验 YZR 的感觉 ”（YZR250/YZR500 是 Yamaha 当时参加 WGP 世界锦标赛的工厂赛车名字，正如今天的 MotoGP 工厂赛车 YZR-M1），继承了第一代 TZR 250 的理念，将人机一体化的感觉作为最优先、仍是第二代车型的设计核心。
下图：1989' TZR250（资料图片）。
1989 年，Yamaha 日本本土市场累计卖出了 9,799 部 TZR250（资料来源：MrBike BG，下同）。在同级车型市场中处于第二位，但大幅落后于排在同级第一名、NSR250 的 16,109 部。而当时的官方定价，TZR250 为 61.9 万日元、NSR250（PGM-2，MC18）为 59.9 万日元。
作出改进、无疑是应对竞争的核心手段。Yamaha 在 1990 年推出了经过升级的第二代 TZR250（工厂编号同为 3MA，车架号码从 046101 开始。而 1989 款的 3MA、车架号码从 000101 开始）。
下图：Yamaha 官方发行的信息杂志（Yamaha News）、在 1990 年三月号首次公开的 1990' TZR250（图片来源：Yamaha News）。
与 1989 款相比，1990' TZR250 一个显著的变化是换装了倒立式前叉。此外，骑乘姿势也经过了轻微的调整。
下图：1990' TZR250（资料图片）。
除了标准版车型，同时推出的还有 1990' TZR250 SP。与标准版相比，SP 版有着更接近于市售赛车 TZ250 的、经过了加强的装备：更大型的散热器，可调的悬挂，干式的离合器，赛道级变速比的变速齿轮组，以及主樑经过了加强的专用后摇臂。
下图：1990' TZR250 SP（资料图片）。
尽管同为两冲程直列两气缸的型式，但透过与市售赛车 TZ250 的对比，我们可以看看第二代 TZR250 的发动机、与第一代 TZR250 的发动机，其粗略的差异之处。
下图：使用一副近乎直立式（气缸中轴线与水平线之间的夹角、接近于 90 度的垂直状态）直列两气缸发动机、上加强肋后摇臂的 GP250 级别市售赛车 1987' TZ250（资料图片）。第一代的 TZR250 发动机，类似于此型式。
下图：第二代 TZR250 的前身 —— 使用一副反向卧式直列两气缸两冲程两发动机、下加强肋后摇臂的 GP250 级别市售赛车 1988' TZ250（资料图片）。
赛场验证之后的第二年、1989，第二代的 TZR250 诞生，就是采用了上一年 TZ250 的发动机和车架/底盘布局。
下图：GP250 级别市售赛车 1989' TZ250（资料图片）。
下图：GP250 级别市售赛车 1990' TZ250（资料图片）。
第二代 TZR250 的寿命周期相对较短 —— 仅仅是在 1989、1990 年，随后就被更新至第三代。放在当时的大环境中，一年就改进、两年就换代，是日本三个摩托车品牌的两冲程跑车之 “ 游戏规则 ”，主因是竞争的激烈、以及基础销量能够在一定程度上满足开发成本的摊分。
由于当时有着大量以这些两冲程量产车为基础的比赛（除了日本本土的 SP250、SS250 之外，还有澳门 GP 的新手赛，东南亚和欧洲多国也有类似的比赛），催生了无数改装品牌的飞速发展。与现在的消费观念不同，该级别车型当时的基本概念就是，只要这款车在赛场内（以常规的量产车改装而成的赛车）慢了，那么这一代的车就得淘汰、尽快升级换代！这跟现在的 WSSP 300 级别有点相似，只是那时候更新换代、淘汰旧品的速度更快。
当时的赛车圈子里流传着这么一个故事：第二代的 TZR250 从诞生的时候就已经落后于对手了。原因之一，是直列两汽缸的发动机，在低排气量级别，很难与 V 型两气缸在赛道上竞争。而第二代 TZR250 的主要对手（KR1/KR250 最后一个车型在 1989 年推出，故暂且忽略），从 1988 年开始就全部换成了 V 型两气缸的发动机。
对于 Yamaha 这样的企业来说，他们怎么可能会不清楚这一点？！至于仍继续推出直列两气缸量产车的原因，外人或许无法真正得知。其中，最有可能的原因是下面的这个：
使用 V 型两汽缸、双曲轴（每个气缸/活塞、对应一个独立的曲轴体结构）发动机的工厂赛车 YZR250（OW82），夺得了 1986 年 WGP250 世界冠军。将 YZR250 的技术延伸至量产车 TZR250 是惯常的玩法，但使用双曲轴的发动机，对于量产车来说是一个不可思议的、极端的选择。双曲轴动力单元量产化的一系列问题（实际上就是成本投入与产出的性能效益问题），始终无法拿出有效的解决方案，这就让 Yamaha 在此级别的量产车型 TZR250，形成了1987 - 1990 年间的空窗期，就惟有以直列两气缸先顶上。
下图：1987' YZR250 工厂赛车（OW82。资料图片）。请留意图 2，干式离合器的后面、变速箱润滑油加注口的周围 —— 这是双曲轴的曲轴箱特有设计。而大部分的多气缸量产车型，其每个气缸的曲轴体都是合并到一条水平线上，且大部分的设计是曲轴体与离合器处于平行状态的布局。
直到 1990 年，Yamaha 以新一代的工厂赛车 YZR250（OWB9）参与 WGP250 的角逐，美国车手科辛斯基（John Kocinski）以这台新赛车夺得了这一年的世界冠军。1990 款的 YZR250 工厂赛车搭载一副全新设计的 V 型 90 度两气缸、单曲轴的发动机，这个动力单元的布局，构成了后来、1991 年发布的第三代 TZR250 的基础。
下图：1989 和 1990 工厂赛车 YZR250（资料图片。图片来源：Yamaha News）。
