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由于MotoGP在过去并没有导入仪表显示，车手和赛会之间，必须倚靠场边众多的旗手来传递讯息、进行沟通，像是常见的黄旗、红旗、黑旗、方格旗等，都各自代表了不同的意义，当中更有许多罕见的特殊旗号，甚至不同情境下旗号也会有不同的意义。
黄旗挥舞 Yellow Flag
在MotoGP以及其他比赛的赛道上，最常见的莫过于黄旗挥舞了，但是黄旗在不同状况下挥舞，也代表着各种不同的意义。
比赛开始前：「如果黄旗在起跑格上往每一排挥舞」代表赛事延后起跑；「如果黄旗在起跑格上的某一排挥舞」则是代表该排有车手在起跑时遇上困难。
比赛开始之后：「如果单面黄旗在旗手哨所挥舞」，表示前方赛道旁有状况发生；「如果两面黄旗在旗手哨所挥舞」，表示前方赛道有危险，造成部分赛道或全部赛道阻塞，车手必须放慢速度，准备停车，并且禁止超车，等待绿旗挥出才能继续进行比赛。
在练习赛和排位赛当中，任何违反以上规则的车手，都将被取消该圈成绩；如果在比赛过程中，违反以上的规格，则会遭到赛会判罚最终成绩退位。
红旗挥舞Red Flag
除了黄旗之外，红旗也是赛场上常见的旗号，同时也是所有车手和车迷最不想看见的旗号，因为这意味着赛道上发生重大事故，必须挥舞红旗暂停比赛，在赛场上除了每个旗手哨所会挥舞红旗提醒场上车手之外，场边的红灯将会亮起，而车手仪表上也会打出「Red Flag」字样提醒车手比赛暂停。
当比赛或练习赛被迫中断时，红旗会在所有的旗手哨所挥舞，同时场边所有的红灯也会亮起，车手们必须立即减速，并准备进入维修区，同时维修区的红灯也会亮起，提醒车手和车队维修车道封闭不能离开维修区进入赛道。
另外在正赛遇上红旗挥舞比赛暂停的状况时，如果比赛已经进入尾声，该站赛事也会有条件的直接以红旗挥出时的排位结算成绩，在Moto2、Moto3级别的规定为：「领先车手完成比赛总圈数的三分之二(四舍五入到最近的整数圈)，场上所有车手与领先车手处于同一圈赛事当中；MotoGP级别的规定为：「领先车手完成比赛总圈数的四分之三(四舍五入到最近的整数圈)，场上所有车手与领先车手处于同一圈赛事当中。」在以上状况下红旗结束比赛，车手将会获得“完整的比赛积分入帐”。
黑旗挥舞Black Flag
除了红旗之外，车手们最不愿意看到的，莫过于黑旗在旗手哨所挥舞了，因为黑旗飘扬代表着车手在该场赛事中“失去资格”，必须回到维修区且不得重新起跑，黑旗除了会在场边所有的旗手哨所挥舞之外，车手也会在仪表上接收到「BLACKFLG」的字样提醒。
打出黑旗的之前，赛会必须先行通知该车手的车队，同时黑旗挥舞时，上头也会写上“ 失去比赛资格”的车手号码，在黑旗挥舞之后，该车手有5圈的机会能够进入维修区结束比赛。
另外还有黑旗中带着橘点的特殊旗号，打出这面旗号则是通知车手比赛车辆有明显的机械故障或零件脱落，必须尽快离开赛道，以免危害自己以及后方的其他比赛车手。
绿旗挥舞Green Flag
绿旗挥出代表赛道净空，在练习赛第一圈、观赛圈、暖身圈开始时，绿旗也会在所有的旗手位置挥舞，代表该赛段开始，另外在维修车道开放时，绿旗也会在维修车道出口处挥舞，表示车道开放；此外在遇到双黄旗的比赛中断状况下，车手也必须在绿旗挥出之后才能继续进行比赛。
蓝旗挥舞Blue Flag
在赛道上，车手看见蓝旗挥出代表后方有快车接近，而被挥舞蓝旗的车手必须保持路线，并且放慢速度让后方快车在第一时间超越通过；比赛过程中，如果车手被挥舞蓝旗，则是代表该位车手即将被套圈，并且必须将路线让出以便让后方车辆超越通过；此外在车手出维修区时，如果看见蓝旗挥舞，则表示赛道上有车流接近，车手必须等待车辆通过后才能离开维修区，进入赛道。
白旗挥舞White Flag
白旗挥出代表赛道状况出现干湿变化，通常是在比赛进行到一半时，赛道状况从干转湿的状况下才会出现，赛会透过白旗告知场上比赛的车手，目前的赛道已经潮湿到比赛从干地赛转变成为湿地赛，当白旗在旗手哨所挥出，代表场上车手们可以进站更换赛车。
也由于MotoGP三个级别当中，仅有MotoGP级别拥有备用车辆，也因此白旗仅会在MotoGP级别的赛事中会出现；另外还有一组特殊的白底红叉旗、红黄条纹旗，这两个旗号是赛会用来告知场上车手，目前赛道因为降雨而变湿的专用旗号。
方格旗挥舞 Checkered Flag
方格旗绝对是车手最想看到的旗号，因为方格旗挥舞代表比赛结束，第一位通过方格旗的车手为该场赛事的获胜者，另外方格旗也会在练习赛、排位赛时挥出，代表该段练习赛、排位赛时段结束。
